Hypertrofická kardiomyopatie probíhá velmi často zcela bez jakýchkoliv příznaků. Nemocný tedy žije kvalitní život a určité příznaky onemocnění, které občas pociťuje, zpravidla přisuzuje něčemu jinému. Po určité době si na omezení svých fyzických aktivit zvykne a dále je považuje již za normální součást života. Absence příznaků však neznamená menší pravděpodobnost hlavního rizika onemocnění, tedy náhlé smrti. Nejčastějším příznakem je dušnost. Ta je zpravidla námahová, klidová dušnost se objevuje velmi zřídka. Většinou je dušnost spíše lehčího rázu a odeznívá rychle po ukončení fyzické aktivity. Klidová dušnost nejčastěji provází poruchy srdečního rytmu, při kterých srdce pracuje tak rychle či nepravidelně, že jeho činnost je velmi neefektivní a nestačí k přečerpání potřebného množství krve. Dalším, velmi typickým příznakem, je bolest na hrudi, nazývaná někdy stenokardií nebo anginou pectoris. Tato bolest má obvykle tlakový charakter, nejčastěji je pociťována uprostřed hrudi, může vyzařovat do krku, horních končetin nebo do zad. Pacienti ji obvykle nepopisují ani jako bolestivý vjem, spíše však jako teplo, tlak či „jakýsi pocit“ na hrudníku. Bolest na hrudi obvykle doprovází dušnost. Většina pacientů si v různé míře stěžuje na palpitace. Tím rozumíme pocity nepravidelné srdeční akce vyjádřené většinou především v oblasti levé části hrudníku, někdy i krku. Někteří nemocní jsou schopni velmi přesně popsat nepravidelný srdeční rytmus, jiní si stěžují spíše jen na „přeskakování srdce“. Velmi závažným příznakem jsou krátkodobé ztráty vědomí, které nazýváme synkopy. Nevysvětlitelné synkopy jsou výrazným rizikovým faktorem náhlé smrti u nemocných hypertrofickou kardiomyopatií a měly by být vždy podnětem k velmi podrobnému vyšetření nemocného. Jejich příčinou mohou být poruchy srdečního rytmu, ale také prognosticky příznivější alternativa – zpomalení tepové frekvence nebo pokles krevního tlaku na základě nesprávné reakce organismu na některé podněty, například dlouhé stání.